Pro FiltoClear 11000 Srdcem filtru jsou filtrační houby - zejména tato sada filtračních hub, která kombinuje modré a červené houby na malém prostoru. Červené filtrační houby mají jemné filtrační vlastnosti, zatímco modré mají hrubé filtrační vlastnosti. To znamená, že v závislosti na rychlosti proudění vody se v houbách zachytí malé nebo jen větší částice, které jsou tak z vody v jezírku odstraněny. Neplní však pouze klasickou filtrační funkci, ale poskytují také dostatek životního prostoru pro nejmenší bakterie. Tato malá biologická oáza v červených filtračních houbách zajišťuje přeměnu toxinů v jezírku: toxické látky se přeměňují na neškodné, ale řasy stimulující látky (nitrifikace), které se zase přeměňují na přirozeně se vyskytující plyny (denitrifikace). Modré filtrační houby poskytují další podporu v procesu denitrifikace.